У самцов пластрон (брюшная сторона панциря) черепах вогнутый, что помогает удержанию его тела на самки при спаривании, хвост утолщен у основания, длинный. Клоака расположена дальше по хвосту, чем у самок. Часто самцы мельче самок. Самцы более агрессивные и активные, они могут делать попытки спаривания, преследовать своих партнеров, кусать самок за лапы, биться панцирями и пытаться перевернуть других самцов. Также самцы производят характерные движения головой вверх и вниз.
У самок пластрон - плоский, хвост короткий за счет размещения в их клоаке яйцевода, без утолщения. Клоака расположена около конца карапакса. Задний край пластрона и углы карапакса образуют отверстие, диаметр которого у самок несколько больше, чем у самцов.

Красноухие: у самцов когти намного длиннее, чем у самок красноухих черепах.
Болотные: У самцов верхняя губа белесая. В отличие от желтоглазых самок у самцов - карие глаза.
Среднеазиатские: У самцов хвост намного толще и длиннее, чем у самки, клоака имеет форму продольной полосы. Хвост из-за длины часто загибается под панцирем, тогда как у самочек он просто торчит. Также панцирь над хвостом загибается к земле. У самок маленький короткий хвост, а клоака по форме напоминает звездочку.
Триониксы: у самки с возрастом остаются бугорки на панцире, а у самца разглаживаются. Лет с трех у самца вырастает довольно длинный хвост со светлой продольной полосой сверху, а у самки хвостик остается маленьким. Самки больше самцов.
Каймановые: Самцы больше самок.

У некоторых черепах (например, каролинской коробчатой) самцы имеют красную радужку глаз.